לאחר הידוק חומר העבודה פעם אחת במרכז העיבוד, מערכת הבקרה הדיגיטלית יכולה לשלוט בכלי המכונה כדי לבחור ולהחליף את הכלי באופן אוטומטי בהתאם לתהליכים שונים, לשנות אוטומטית את מהירות הציר, מסלול ההזנה והתנועה של הכלי ביחס לחומר העבודה. פונקציות עזר אחרות, ולהשלים את העיבוד של מספר תהליכים על מספר משטחים של חומר העבודה בתורו. ויש מגוון של פונקציות של שינוי כלי או בחירת כלי, כך שיעילות הייצור משתפרת מאוד.
מרכז עיבוד אנכי מתייחס למרכז עיבוד שבו ציר הציר מאונך לשולחן העבודה, ומתאים בעיקר לעיבוד חלקים מורכבים כמו צלחות, דיסקים, תבניות וקונכיות קטנות. מרכזי עיבוד אנכיים יכולים להשלים כרסום, קידוח, קידוח, הקשה וחיתוך חוט. מרכז העיבוד האנכי הוא לפחות שלושה צירים ושני הצמדה, ובדרך כלל יכול לממש שלושה צירים ושלושה הצמדה. חלקם ניתנים לשליטה על ידי חמישה או שישה צירים. גובה העמודה של מרכז העיבוד האנכי מוגבל, ויש לצמצם את טווח העיבוד של חומר העבודה בתיבה, וזה החיסרון של מרכז העיבוד האנכי. עם זאת, מרכז העיבוד האנכי נוח להידוק ומיקום של חלקי עבודה, קל לצפות במסלול התנועה של כלי החיתוך, תוכנית איתור הבאגים נוחה לבדיקה ומדידה, וניתן למצוא את הבעיה בזמן ולהפסיק לעיבוד או שינוי ; קל לקבוע את תנאי הקירור, ונוזל החיתוך יכול להגיע ישירות לכלי ולמשטח העיבוד; שלושת צירי הקואורדינטות תואמים את מערכת הקואורדינטות הקרטזית, והתחושה היא אינטואיטיבית ועקבית עם נקודת המבט של התבנית, והשבבים קלים להסרה וליפול, כדי להימנע משריטת המשטח המעובד. בהשוואה למרכז העיבוד האופקי המקביל, המבנה פשוט, שטח הרצפה קטן יותר והמחיר נמוך יותר.