ישנן שלוש שיטות לתכנות כלי מכונת CNC: תכנות ידני, תכנות אוטומטי ומרכז עיבוד CAD/CAM.
תכנות ביד
ניתוח שרטוט חלק ידני, עיבוד תהליכים, חישוב מספרי, כתיבת רשימת תוכניות וקלט ובדיקה של התוכנית מתבצעים באופן ידני. הוא מתאים לעיבוד נקודתי או לחלקים בעלי גיאומטריות פחות מורכבות, אך הוא גוזל זמן רב ונוטה לשגיאות בעת קומפילציה של חלקים מורכבים.
תכנות אוטומטי
תהליך השימוש במחשב או במכונת תכנות להשלמת הכנת תוכניות חלקים נוח מאוד לחלקים מורכבים.
CAD/CAM
תוכנת CAD/CAM משמשת למימוש תכנות אוטומטי של דוגמנות ותמונות. התוכנה האופיינית ביותר היא Master CAM, שיכולה להשלים את התכנות של כרסום 2, 3, 4 ו-5, סיבוב, חוט EDM, למרות שלתוכנה מסוג זה יש פונקציה אחת, היא קלה ללמידה וזולה.